自2014年整合以来，舟山市食品药品检验检测研究院将科研创新作为发展的核心竞争力，目前已有《一种用于检测海产品中九种致病性弧菌的基因芯片》《水产品中43种人工合成色素的筛查方法》《GI基因组型诺如病毒逆转录滚环扩增方法》《单核细胞增生李斯特氏菌实时浊度LAMP检测方法》《一种检测水产品中6种含硫类致嗅物质的方法》等5项成果获得国家发明专利授权，为解决食品非法添加和污染物等检测领域提供了快速高效的分析方法，具有极高的经济价值和显著的社会意义。其中，依托《一种用于检测海产品中九种致病性弧菌的基因芯片》发明专利开发的检测试剂盒已广泛应用在有关检测领域，《水产品中43种人工合成色素的筛查方法》已在我省多家检测机构应用。