舟山市食品药品检验检测研究院（国家海洋食品质量监督检验中心、浙江省海洋水产品质量检测中心、舟山市医疗器械质量监督检验所、舟山市药品不良反应监测中心、舟山市渔业检验检测中心、舟山市农产品质量检测中心）组建于2014年8月，为舟山市市政府直属公益二类事业法人单位。本院工作职责涵盖了原属市质量技术监督检测研究院的食品检测职能、浙江省海洋水产品质量检验中心、市食品药品检验所（市医疗器械质量监督检验所）、市渔业检验检测中心、市农产品质量检测中心的相关检验检测职能，以及定海区食品药品质量检验所、普陀区技术监督测试所、普陀区公共检验检测创新服务中心的相关职责，主要承担生产、流通、餐饮服务等领域的食品、药品、保健食品、化妆品、初级渔农产品、以及食品药品相关产品的检验检测、新技术的研发等工作，并为政府部门开展质量监督、评价、许可仲裁工作提供技术数据和质量分析。本院获得浙江省资质认定证书（CMA）、国家实验室认可证书（CNAS）、国家中心资质认定证书（CMA、CAL）、农产品质量安全检测机构现场考核（CATL），本院还获得非特殊用途化妆品备案检验机构资质、浙江省无公害水产品养殖产地检测机构认证等。

目前全院有职工84名，专业技术人员占职工总数的82%，其中具备高级以上专业技术职称14人，中级专业技术职称30人，人才梯度分布合理，适应检测工作要求。本院下设7个职能科室，分别为食品检验检测室、药品检验检测室、初级渔农产品检验检测室、微生物及分子实验室、综合检验检测室5个检测部门，办公室、综合业务室2个职能部门；并拥有1个国家级实验室、1个省级质检中心、1个省级院士工作站。本院现有建筑总面积达14950平方米，其中实验室面积为11550平方米，配备有液质联用仪、气质联用仪、电感耦合等离子体质谱仪、高效液相色谱仪、气相色谱仪、X光辐照检测仪、高速氨基酸分析仪、原子吸收光谱仪、全自动致病菌快速检测仪等各类高端检验检测设备，仪器总价值达6000余万元。