办公室。负责院日常运转，承担文秘、信息、信访、会务、宣传、机要、保密、档案、财务管理、后勤等工作。负责岗位培训、绩效考核等工作。负责人大政协建议提案和领导重要批示件的督办工作。负责离退休干部服务管理工作。

综合业务室。负责样品抽取和收发、质量控制、报告编制发放、信息数据录入、结果和分析报告上报等工作。负责实验室管理体系及各类平台运行监督、客户投诉受理、实验室内外部认证认可等工作。负责检测设备和试剂耗材采购与管理。负责牵头检验检测技术科研项目的申报和指导。承担市药品不良反应监测中心的日常工作。

食品检验检测室。负责食品及相关产品的检验检测工作，为政府部门开展质量监督、评价、许可、仲裁等工作提供技术数据和质量分析报告。开展产品质量安全风险预警工作。提供实验室资质认定范围内相关产品的检验检测服务以及相关技术培训、咨询服务。

药品检验检测室。负责药品及相关产品的检验检测工作，为政府部门开展质量监督、评价、许可、仲裁等工作提供技术数据和质量分析报告。开展产品质量安全风险预警工作。提供实验室资质认定范围内相关产品的检验检测服务以及相关技术培训、咨询服务。

初级渔农产品检验检测室。负责初级渔农产品检验检测工作。开展产地环境、投入品及相关产品检验检测工作，为政府部门提供技术数据和质量分析报告。开展产品质量安全风险预警工作。提供实验室资质认定范围内相关产品的检验检测服务以及相关技术培训、咨询服务。